El Siglo XXI ha supuesto una gran revolución del baloncesto español en la NBA. De este modo se garantiza el control de la NBA sobre sus franquicias, así como su imagen de marca. El curso 2004/05 empezaba con serias dudas; un CB Ciudad de Huelva joven y muy reformado le confiaba el banquillo a Joaquim Costa, que hasta entonces había sido segundo de Aíto García Reneses en el Barcelona pero que no tenía experiencia como primer entrenador. Durante los siguientes años, la ciudad se negaba a construir un estadio nuevo para el equipo, de modo que se rumoreaba que la franquicia se pudiese mudar de Milwaukee. La temporada 2005/06 fue extraña para el CB Ciudad de Huelva; el equipo comenzó la temporada con buenas sensaciones y tuvo opciones de clasificarse paras la Copa Príncipe de Asturias (a 2 jornadas del final de la primera vuelta, marchaba cuarto a solo dos victorias del líder); aunque finalmente no lo logró, acabó la mitad de curso con más victorias que derrotas (9-8) y con la idea de meterse de nuevo en los playoffs por el ascenso.
El 14 de junio se disputó el primer juego de la final entre Boca Juniors, el mejor de la fase regular y Atenas, miami heat pantalon rosa en cancha del club porteño. ↑ «Asamblea de Boca en la Bombonera: se aprobó el presupuesto y el escudo tiene dos nuevas estrellas». ↑ Página oficial de Radio Huesca (Cadena Ser). ↑ Página oficial del periódico Huelva Información. ↑ Página oficial del periódico 20 minutos. ↑ Página oficial del periódic Huelva Información. Cada equipo será dirigido por un miembro de la lista de los 75 mejores jugadores de la historia y técnicos asistentes del All-Star Game de 2022 en una fecha anterior a la disputa del mini-torneo. En ellos participarán los mejores jugadores y el objetivo es simplemente el de dar espectáculo. Tras ellos se sitúan el croata Velimir Perasović, el estadounidense Joe Arlauckas y el lituano Arvydas Sabonis completando el quinteto de jugadores con un promedio superior a los 20 puntos por encuentro. En su primera temporada fue incluido en el mejor quinteto freshman de la Big Ten Conference, mientras que en 2016 apareció en el tercer mejor quinteto absoluto de la conferencia, y en segundo en su último año como universitario.
Finalizó la temporada en cuarta posición y se clasificó para los playoffs de ascenso a la Liga ACB; en cuartos de final se enfrentó al Viajes Aliguer de Pineda de Mar, al que superó por un contundente 3-0; en semifinales, el CB Huelva se enfrentaría al Andorra BC, que venía de dar la sorpresa al vencer (3-2) al campeón de la liga regular, el Gijón Baloncesto. El CB Ciudad de Huelva ascendió, de esta manera, a la Liga ACB, pero aún debía disputar la final ante el Alerta Cantabria Lobos, con el que perdió sus dos enfrentamientos en la liga regular. La empresa era complicada, pues el rival era el Alerta Cantabria Lobos, que conquistó la liga regular con brillantez (23 victorias y 11 derrotas); el equipo cántabro logró el primer punto de la serie en casa (74-67), pero el Ciudad de Huelva dio la sorpresa y ganó el segundo enfrentamiento (69-78). Con la eliminatoria empatada a uno, el equipo onubense tenía la oportunidad de eliminar al campeón de la liga regular en el Palacio de Deportes de Huelva, y lo consiguió al ganar el tercer (80-76) y cuarto (76-74) choque. El ejercicio 2002/03 fue el peor del Ciudad de Huelva en la LEB, el equipo acabó penúltimo (15º) con 11 victorias y 19 derrotas, debiendo disputar el playoff por la permanencia ante el CAI Zaragoza; el equipo onubense completó su mala temporada perdiendo la serie por 3-2 y descendiendo a LEB-2.
La temporada 1998/99 fue de transición; el equipo onubense acabó el curso con 12 victorias y 14 derrotas, lo que le valió para quedar noveno clasificado, perdiendo la primera ronda de los playoffs de ascenso ante el Menorca Bàsquet. El Ciudad de Huelva había conseguido en un par de semanas lo mismo que en toda la primera vuelta, pero todos los sectores del club sabían que era prácticamente inevitable disputar el playoff por la permanencia; aun así, el equipo onubense logró su quinta victoria en la 24.ª jornada ante el Caja San Fernando (85-84), logrando salir de la última posición en la que estaba instalado desde hace meses; en la siguiente jornada, una nueva victoria en la pista del Caja Cantabria (80-81) le dejó a un partido de tener el factor cancha a favor en los playoffs, pero volvió a encadenar varias derrotas consecutivas que le situaron a 4 jornadas del final en la última posición y a dos partidos del Ourense, penúltimo. La 2006-2007 no es de mayor éxito, a pesar de conquistar la copa del Rey ante el Real Madrid, ya que se cae en semifinales de Liga y en Cuartos de final de la Euroliga ante Unicaja Málaga.