En la parte superior figura otra franja horizontal en azul oscuro, camiseta valencia naranja en la que se ubican las estrellas de cinco puntas (en plata) que simbolizan cada uno de los campeonatos colombianos obtenidos. El escudo tiene debajo de la franja superior azul, superpuesta a las barras verticales gules y plata, una franja horizontal azul que dice JUNIOR. La Liga de Fútbol de Bolívar se fundó el 20 de julio de 1940 por iniciativa de los periodistas Cristian Andrés González (Jhoncito de Lucas) e Ignacio Amador de la Peña (Igapé), el más importante y reconocido dirigente colombiano en las organizaciones mundiales de boxeo. Sin embargo, Junior consigue el tercer cupo colombiano a la Copa Libertadores al ser el equipo que más puntos logró en el año (76) superando por dos puntos al Deportes Tolima. Ese mismo año fundó, junto con el exárbitro de fútbol Manuel Enrique Mejuto González, también langreano, el torneo benéfico Amigos de Mejuto contra amigos de Villa, que reunió durante varias navidades a deportistas y cantantes. Igual En los cuartos de final enfrenta a Boyacá Chicó en una polémica serie donde solo se jugaron 45 minutos en Tunja debido a la agresión a Alejandro Gallejo, un juez de línea que ya había tenido un antecedente en un partido entre Deportivo Pasto y Real Cartagena en el Torneo Finalización 2009 que perjudico al equipo nariñense y que en esa temporada descendió a la Categoría Primera B. El equipo ajedrezado Boyacá Chicó fue sancionado con la anulación del punto que conseguía hasta ese momento, siendo suficiente el empate 2-2 en Barranquilla (después de estar el partido 0-2 en contra de Junior) para lograr clasificar a las semifinales, donde enfrentará a Millonarios en una serie épica, en la cual Junior perdió 3-0 en Bogotá y remontó con el mismo marcador en Barranquilla, en un partido donde la afición se hizo sentir, definiendo la clasificación desde los penales.
Ese encuentro es histórico porque fue el primer partido internacional que jugó la selección. En los últimos diez minutos del encuentro el América de Cali le supo dar vuelta al marcador por medio de un autogol de Gabriel Fuentes y un remate de Duván Vergara. En la final enfrentó a Equidad venciendo 3-2 en la que se definió por un gol de carambola de Carlos Bacca faltando cuatro minutos para el final del encuentro. La bandera del Junior está compuesta por nueve franjas horizontales, cinco rojas y cuatro blancas alternadas, siendo la superior y la inferior rojas. Desde 1904, cuando ingenieros ingleses construían el ferrocarril entre Salgar, Puerto Colombia y Barranquilla, la vestimenta de quienes conformaron los equipos eran de color rojo y blanco a rayas verticales y pantaloneta azul, colores alusivos a los de la bandera inglesa. No había rival pequeño, pero entonces eran menos que ahora los llamados a disputar el título liguero a los equipos históricos. El equipo mantuvo durante toda la temporada un buen centro del campo, gracias al media punta Óscar (máximo goleador del Valladolid durante la temporada, con 12 goles en liga), al alemán Patrick Ebert, a Lluís Sastre, a Álvaro Rubio y a Víctor Pérez; jugó casi todos los partidos con un solo delantero centro, Javi Guerra (que tuvo una sequía goleadora, solo anotó un tanto en la primera mitad aunque en la segunda anotó 6) o el capitán de la selección angoleña Manucho (anotó 9 goles, de los que cabe destacar los dos que le marcó al Real Madrid en el Estadio José Zorrilla); el equipo plantó cara a equipos grandes como al Real Madrid al que marcó 3 goles en un partido en el Bernabéu, el tercero lo anotó Luis Sastre de volea desde fuera del área y los otros dos Javi Guerra (que además marcó al Barcelona en el Zorrilla) y Óscar.
Carlos Bacca logra coronarse goleador de la Copa Colombia con 11 goles. Para la Copa Libertadores 2011 se contratan jugadores con nombre como Sebastián Viera (procedente del fútbol griego), John Viáfara, José Amaya, Sherman Cárdenas, Sergio Otálvaro y Juan David Valencia, además del reciente goleador de la Primera B, Luis Páez. El global del partido entre Tiburones y Tolimenses se puso 2-2 y el partido indicaban que se iban a penales, lo que sufrió mucho el cuadro Tiburón en 2018. Sebastián Hernández, Víctor Cantillo y Rafael Pérez concretaron los penales penal para Tu Papá, mientras Sebastián Viera no dejó que Sergio Mosquera, Carlos Robles y Yeison Gordillo metieran el penal para el conjunto local. A pesar de adelantarse en el marcador, al minuto 23 el defensa Germán Mera fue expulsado y el equipo tiburón jugó con uno menos el resto del partido. En el Torneo Apertura termina tercero del todos contra todos con 32 puntos, dos menos que el líder Deportes Tolima luego de una sufrida clasificación en el que se le dieron los resultados que necesitaba y venció 2-0 a Envigado F. C..
El equipo termina líder del grupo 2 con 13 puntos, 3 de ventaja sobre el escolta Gremio de Porto Alegre. 9 puntos, por delante del Real Cartagena, Barranquilla FC, Uniautonoma FC. Empezó su camino a la final en el Grupo A donde se enfrentaría a Real Cartagena, Barranquilla Fútbol Club y Jaguares de Córdoba, camisetas de fútbol baratas Jaguares siendo el único equipo de primera división de año transcurrido. Junior se impuso 5-4. En la final enfrentaría a Once Caldas, ganando 3-2 en Barranquilla (después de remontar un 0-2) y perdiendo 2-1 en Manizales definiendo el título con un 2-4 en los penales, logrando su séptimo título colombiano y la clasificación a la Copa Libertadores 2012. Igualmente, Carlos Bacca logró el Botín de Oro por 2° año consecutivo al anotar 12 goles (2 más que sus perseguidores Germán Cano del Pereira, Lionard Pajoy del Itagüí y su hermano John Pajoy del Once Caldas). En la Copa Colombia, Junior enfrenta a Independiente Medellín, eliminándolo con un global de 3-2 (3-1 en Barranquilla y 1-0 en Medellín), clasificando a la tercera fase, donde enfrentaría al Deportes Quindío, empatando 0-0 en Armenia y 2-2 en Barranquilla. En cuartos de final de vería una vez más en otra serie de eliminación directa con Millonarios, una serie cerrada que se definiría en el último partido en Barranquilla con un gol de penal de Jarlan Barrera provocado por Luis Díaz, clasificando al equipo por cuarta vez consecutiva a una semifinal de copa, siendo esto un récord.
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